Part1のSketchup内での作業では、Kerkytheaに読み込ませるためにマテリアル名を変更していきましたが、それを忘れていてもKerkytheaへエクスポートしてくれる場合もあります。
しかしそれらは必ずKerkytheaが認識してくれるという訳ではありません。

Kerkythea内で、”Select”ツールをクリックして、オブジェクトをダブルクリックすれば、どのマテリアルが使われているのか左のリストで強調表示されます。
逆に左のリストからマテリアルをダブルクリックすれば、画像のようにオブジェクトが強調表示します。
どのパーツにどのマテリアルを適用したのかを覚えていればPart2 12で説明した手順で希望のマテリアルを適用できます。

私の経験では、Sketchup上でレイヤーのごとく適当に分かる色を付けておき、Kerkythea上で一つ一つマテリアルを設定していくので、とりあえずはオブジェクトごとに違う色を事前に設定しておけばいいでしょう。

「GETTING STARTED Kerkythea 2007」 日本語訳